WARNA BENDERA


HIJAU - Keseimbangan dunia dan akhirat

BIRU - Perpaduan dan permuafakatan warga sekolah

PUTIH - Kesucian dan keikhlasan

KUNING - Kesetiaan kepada sekolah dan negara

MERAH - Keberanian dan kekuatan rohani serta jasmani

BERILMU - Mempunyai banyak ilmu
BERAMAL - Melakukan sesuatu sebagai satu kebiasaan
BERTAQWA - Takut dan taat pada perintah Allah SWT

Cogan kata Sekolah Menengah Sains Pokok Sena ialah Berilmu, Beramal, Bertaqwa. Ia membawa maksud bahawa seorang penghuni sekolah ini perlu menimba seberapa banyak ilmu yang mungkin selama berada di sini. Setelah berilmu, mereka perlu mengamalkan segala ilmu yang diperolehi dengan cara yang betul. Individu yang berilmu dan mengamalkan ilmunya akan melahirkan insan yang bertaqwa kepada Allah SWT. Ia selaras dengan konsep SBP yang ingin melahirkan warga Sekolah Berasrama Penuh (SBP) yang cemerlang dalam semua aspek. Cogan kata Berilmu, Beramal, Bertaqwa melengkapi sifat warga impian SBP.